Het nieuwe seizoen begint dus in feite op 18 juni 2009: de dag na de uitspraak van de rechter. Op dat moment heeft Fortuna welgeteld één contractspeler: Angelo Simone. Simone was de enige speler met een doorlopend contract.
Fortuna raakt in mei vanwege de licentieperikelen enkele belangrijke spelers met een aflopend contract kwijt. Topscorer Danny Schreurs wil niet wachten en tekent bij FC Zwolle; de talentvolle spitsen Jesse Mayele (naar Sparta Rotterdam) en Bryan Linssen (naar MVV) kiezen ook eieren voor hun geld. Omdat ook Ruud Boymans (naar VVV Venlo) en Cédric Olondo-Utshumbe (naar Ethnikos Piraeus) vertrekken, raakt Fortuna vrijwel de gehele voorhoede kwijt.
Fortuna haalt er Anthony di Lallo (van MVV), Marc Mboua (gehuurd van SC Cambuur), Marcus Rychlik (van SV Hilden-Nord), Demba Traore (van Apollon Kalamarias) en Paul Voss (van RFC Liège) voor terug. Fortuna moet ook op zoek naar twee nieuwe keepers, want zowel David Meul (naar Cambuur Leeuwarden) als Willem-Jan Thijssen (naar Groene Ster) vertrekken. Danny Wintjens (van VVV Venlo) is de nieuwe eerste keeper; Tom Grootaerts schuift een plekje op en wordt zijn doubleur.
Achterin vertrekt Samir Kozarac (naar SV Wilhelmshaven). Fortuna haalt er Pieter Nys en Sven Verdonck (beiden gehuurd van KRC Genk) voor terug. De vertrekkende middenvelder Jürgen Heinrichs (naar SV Bergisch Gladbach 09) wordt ten slotte vervangen door Dino Peljto (van RKC Waalwijk).
De KNVB voert een degradatieregeling in, waardoor degradatie uit de eerste divisie voor het eerst sinds het seizoen 1970-1971 mogelijk wordt. De nummers laatst en voorlaatst degraderen naar de Topklasse. Of Fortuna sterk genoeg is om dat lot te ontlopen, zal in de competitie moeten blijken.
Op bestuurlijk vlak wacht een immens karwei. Niet vergeten dat Fortuna de licentie terugkreeg omdat de KNVB procedurefouten maakte; niet omdat de club er financieel prima voorstond. Ook niet vergeten dat de Stuurgroep Topvoetbal Limburg (waar Fortuna onderdeel van uitmaakte) eerder dit jaar concludeerde dat de club geen bestaansrecht had. Hoe leg je dat uit aan sponsoren?
Onder dat gesternte moet Fortuna verder. De TOF mannen (Wil Meijers – die voorzitter wordt – en Wil Helwig), de ex-leden van de raad van commissarissen (Jo Abelshausen en Sjra Philippen) en Jan Baggen (Jongen BV) vormen een nieuw interim-bestuur.
Een nieuwe shirtsponsor als opvolger van Supergame vindt Fortuna niet zo snel. Amusementscentrum Supergame besluit het nog een seizoen doorlopende shirtsponsorcontract met Fortuna te beëindigen. Supergame leefde vier jaar geleden in de veronderstelling dat het een vestiging kon openen in of in de omgeving van het Fortuna stadion, maar tot dusverre is daar nog niets van terechtgekomen. De in 2005 bekrachtigde verruiming van het bestemmingsplan rondom het stadion stuit nog altijd op het nodige verzet, waardoor er van daadwerkelijke bouwactiviteiten rondom het stadion vier jaar later nog steeds geen sprake is. Supergame geeft er de brui aan. Fortuna besluit de plek op het shirt per wedstrijd te verkopen in het seizoen 09/10. Dat lukt in totaal negen maal. De vakbond FNV is de eerste shirtsponsor.
Dat het een zwaar sportief seizoen zal worden, blijkt al snel. Fortuna verliest de eerste twee competitieduels elk met een marge van vier doelpunten. Het derde duel levert de eerste winst op (5-1 tegen HFC Haarlem), maar voor de winterstop verliest Fortuna vaker dan het wint en bivakkeert dus in de onderste regionen. Omdat Fortuna de laatste drie thuiswedstrijden voor de winterstop wint, blijft Fortuna weg van de degradatieplaatsen. Fortuna gaat de winterstop in als nummer zeventien, twee plekken en vier punten boven nummer voorlaatst FC Oss.
Op dat moment werkt Fortuna al een maand zijn thuiswedstrijden af in de Trendwork Arena. Eind november slaagt Fortuna er namelijk in een nieuwe naamgever voor het stadion te strikken. Na jaren door het leven te zijn gegaan als het Wagner & Partners Stadion en sinds september 2008 het Fortuna Stadion, luistert het stadion naar de naam Trendwork Arena.
In de winterstop wordt een definitief bestuur aangesteld onder leiding van voorzitter Wil Meijers. Jo Abelshausen en Sjra Philippen vormen de nieuwe raad van toezicht.
Op het veld versterkt Fortuna zich met drie spelers in de winterstop: aanvaller en oud-Fortunees Harrie Gommans, middenvelder Edwin Linssen (beiden gehuurd van Roda JC) en verdediger Yoann de Boer (van FC Den Bosch) moeten de as van het elftal versterken. Verdediger Badre Kotbani maakt de overstap van de jeugd.
Vanwege het faillissement van HFC Haarlem eind januari degradeert er nog maar één club uit de eerste divisie. Het is zaak dus om plek negentien te ontlopen. De drie nieuwelingen spelen zich in de basis, maar de prestaties gaan er niet op vooruit. Sterker nog, Fortuna geraakt in acuut degradatiegevaar. Aan de vooravond van de slotspeeldag heeft Fortuna slechts één punt voorsprong op Telstar en slotlicht FC Oss. Fortuna moet op bezoek bij het hooggeplaatste FC Zwolle. Telstar en FC Oss spelen respectievelijk thuis en uit tegen de uitgespeelde middenmoters FC Eindhoven en MVV.
Fortuna verliest in Zwolle, maar omdat ook Telstar en FC Oss tegen een nederlaag aanlopen, verandert de ranglijst niet meer. Fortuna eindigt zeventiende en ontloopt degradatie. Roger Reijners slaagt dus in zijn missie Fortuna Sittard – dat op 18 juni 2009 slechts één contractspeler had – in het betaalde voetbal te houden. Hij neemt afscheid. Demba Traore wordt topscorer met tien treffers.
